Comme d'autres éditeurs, Emacs a des commandes pour rechercher des occurences de chaînes. La commande de recherche principale n'est pas habituelle dans le fait qu'elle soit incrémentale ; elle commence à chercher avant que vous ayez fini de taper la chaîne à rechercher. Il y a aussi des commandes de recherche non incrémentales ressemblant plus à celles d'autres éditeurs.
À côté de la commande habituelle replace-string qui trouve toutes les occurences d'une chaîne et les remplace par une autre, Emacs a une commande attachante appelée query-replace qui demane interactivement quelles occurences remplacer.